Kommissionen sind kleine Gruppen von Experten, die im Auftrag des Präsidiums wichtige Themenbereiche der Augenheilkunde bearbeiten. Sie beraten das Präsidium oder werden im Namen der Gesellschaft stellvertretend für das Präsidium aktiv. Kommissionen werden in der Regel unbefristet eingerichtet, alle vier Jahre erfolgt eine Überprüfung des Kommissionsstatus. Die Kommissionsmitglieder werden vom Präsidium berufen.